Krátký film vyrobil v době státního monopolu stovky kreslených a loutkových animací, tisíce dokumentárních pořadů, instrukčních nebo propagačních snímků a více než jeden a půl miliónu metrů filmových týdeníků. Když v roce 1990 podal Jan Knoflíček, bývalý ekonomický náměstek Ústředního ředitelství Československého filmu, návrh na transformaci podniku na akciovou společnost, byl jeho projekt schválen, ačkoliv vykazoval fatální nedostatky ‒ neobsahoval soupis majetku ani způsob nakládání s výrobními právy.
Akciová společnost Krátký film se v nových tržních podmínkách nedokázala prosadit. Koncem 90. let přesáhly její dluhy 400 milionů korun a filmovou výrobu se už nepodařilo oživit. Českou pojišťovnu, majoritního vlastníka Krátkého filmu, mezitím ovládla finanční skupina PPF, která v roce 2005 prodala zadluženou firmu podnikateli Richardu Benýškovi za méně než dva milióny korun. Krizový manažer převzal nejen filmotéku, v níž bylo uloženo kolem padesáti tisíc titulů, ale také si ze zámku Kratochvíle odvezl filmové loutky a další artefakty, spojené s historií české animace. Hodnota sbírky byla tehdy vyčíslena na 90 až 135 miliónů korun. Současný majitel Krátkého filmu neprovozuje žádnou veřejně přístupnou expozici nebo promítací sál. Vydělává zejména prodejem vysílacích práv k legendárním animovaným filmům, aniž by měl povinnost odvádět poplatky do Státního fondu kinematografie.
